蘑菇身上的不同部位，营养含量也不同。对香菇等硬柄菌类来说，菌盖比菌柄营养丰富，最适合食用的是新鲜的、幼嫩的蘑菇盖。菌盖营养含量最高，而且比较嫩滑、口感好，越往末端营养成分越少，另外根部也比较难烹制，所以最理想的吃法是把根最末端的部分剪掉。
在清洗时，由于蘑菇表面有黏液、泥沙粘在上面，不易清洗。可在水里放一点食盐搅拌使其溶解，然后将蘑菇放在水里泡一会儿再洗（蘑菇就像海绵，可以吸水，因此不要长时间浸泡），或者放在淘米水中洗，泥沙很容易就能被洗掉。注意，洗蘑菇之前一定要把菌柄底部带着较多沙土的硬蒂去掉，因为这个部位用盐水泡过也不易洗干净。
如果是干蘑菇，最好用60~80摄氏度的热水浸泡一会儿。还可以用40摄氏度左右的糖水浸泡，这样泡开的蘑菇不仅保留了原有的香味，还能因为浸入了糖液而增加鲜美度。泡干蘑菇的时候可以不停地晃动水，使它发得更快。
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